Les processus de dégradation et de préservation des ressources naturelles s'accompagnent souvent de tensions et conflits entre les acteurs des territoires et sont au cœur des enjeux de recherche dans les Zones Ateliers. Le cadre des services écosystémiques (SE) est désormais communément utilisé pour analyser, de manière interdisciplinaire, ces processus et penser les termes d'une gouvernance durable des territoires. Nous développons ici l'idée selon laquelle l'intégration du concept très contesté de disservice écosystémique (DSE), c'est-à-dire des nuisances associées aux écosystèmes, est nécessaire pour la recherche afin d'améliorer la compréhension des relations nature-sociétés, ainsi que pour la gouvernance des territoires afin de tendre vers d'avantage de justice environnementale. Nous mobilisons trois cas d'étude dans lesquels les enjeux environnementaux sont sources de SE et DSE : le sanglier dans le Mont Lozère (France), les arbres champêtres dans les coteaux de Gascogne (ZA PYGAR, France) et l'éléphant en périphérie du parc national de Hwange (ZA Hwange, Zimbabwe). Au total, 119 entretiens semi-directifs ou essais anonymes contenant des informations sur les SE et DSE ont été mobilisés et analysés selon deux axes, les représentations et pratiques d'une part, et la gouvernance d'autre part. Nos résultats montrent que le concept de DSE, associé à celui de SE, est utile pour révéler la complexité, voire l'ambivalence, des représentations des acteurs. Par exemple, si le sanglier est apprécié par certains acteurs des Cévennes dans le cadre de la chasse de loisir, il occasionne aussi des dégâts dans les parcelles agricoles et forestières ou encore sur le patrimoine bâti. Le concept de DSE permet en outre d'évaluer le rôle des pratiques dans le renforcement ou l'atténuation de nuisances et risques écologiques qui ne sont pas toujours directement reliées à des dynamiques écologiques. Par exemple, dans les coteaux de Gascogne, c'est la mécanisation croissante de l'agriculture qui explique que les haies sont devenues de plus en plus gênantes pour le travail des champs. Enfin, le concept de DSE enrichit aussi la compréhension des positionnements des acteurs et des enjeux de gouvernance, permettant par exemple de révéler les contradictions et effets pervers de certaines politiques environnementales. Par exemple, la vulnérabilité de certaines communautés autour de Hwange vis-à-vis des éléphants qui ravagent les cultures est peu prise en compte par le dispositif CAMPFIRE qui ne compense pas forcément les ménages directement impactés et propose plutôt une compensation collective, ce qui questionne l'application d'un système communautaire à des DSE qui touchent les individus de manière différente. Malgré les controverses dont il a fait l'objet, le concept de DSE semble donc prometteur, associé à celui de SE, pour repenser les interfaces nature-sociétés et la gouvernance environnementale dans les territoires, et in fine mieux comprendre et guider la trajectoire des socio-écosystèmes dans des dispositifs de recherche de long-terme tels que les Zones Ateliers.