La préservation des biens et services écosystémiques offerts par les lacs est un enjeu fort de gestion de ces socio-écosystèmes. Cependant, les pressions qui s'exercent sur ces derniers ne cessent de s'accroître depuis plusieurs décennies. C'est pourquoi les lacs font l'objet d'études et de suivis de leur état fonctionnel, notamment les lacs du Jura, où scientifiques et gestionnaires collaborent dans le contexte de la Zone Atelier Arc Jurassien. En effet, l'intensification des activités anthropiques sur le bassin-versant des lacs depuis la fin du 19e siècle a causé, pour de nombreux systèmes lacustres, une augmentation inédite des apports en nutriments et matière organique allochtone, entrainant une eutrophisation accélérée de ces derniers. Ces dysfonctionnements se traduisent entre autres par l'apparition de zones profondes totalement anoxiques, impliquant des impacts en cascades sur les sources et les voies de transfert du carbone et de l'énergie dans l'édifice trophique. Dans ce contexte, le processus dominant de dégradation de la matière organique est la méthanogénèse, réalisée par les archées méthanogènes, et dont le produit final est le méthane. D'après des études récentes, les lacs sont responsables de 6 à 16 % des émissions totales de méthane dans l'atmosphère, contribuant alors de manière non-négligeables au réchauffement climatique. Ce méthane, après être produit, peut donc être émis dans l'atmosphère ou bien réinvesti dans le réseau trophique par l'intermédiaire des bactéries méthanotrophes. L'étude de la réponse de ces systèmes aux changements environnementaux est donc devenue primordiale dans le cadre de leur gestion afin de mieux appréhender les problématiques de préservation. Dans ce contexte d'eutrophisation accélérée des masses d'eau, se posent également des questions de recherches sur le fonctionnement trophique de ces lacs, et plus particulièrement concernant la production et le transfert du carbone méthanogène. En effet, l'étude de ces mécanismes est essentielle à la compréhension de son cycle biogéochimique en lac ainsi que les facteurs influençant son transfert dans les réseaux trophiques.

L'objectif de cette communication est de présenter les résultats d'un suivi temporel et spatial de la signature isotopique des daphnies sur 4 lacs Jurassiens et Vosgiens. Cette étude a été réalisée dans le but d'évaluer l'implication de ces variabilités sur l'utilisation de la signature isotopique des daphnies dans le contexte d'études portant sur le fonctionnement trophique actuel et passé des lacs. Ce travail constitue la première phase dans la mise en place d'un réseau d'étude de lacs jurassiens visant à déterminer les facteurs contrôlants les processus de méthanogènése et de méthanotrophie.